تتشكل الهيئة من محكم واحد أو من ثلاثة محكمين بحسب اتفاق الطرفين، فإن لم يوجد اتفاق يشكل الأمين العام الهيئة من محكم واحد ما لم يرَ أن طبيعة النزاع تتطلب تشكيلها من ثلاثة محكمين.

إذا تخلف أحد الطرفين عن التعيين يتولى الأمين العام التعيين من قائمة المحكمين خلال أسبوعين. ويدعو محكمي الطرفين لاختيار محكم ثالث رئيساً للهيئة، فإن لم يتفقا خلال عشرين يوماً عيّنه الأمين العام. ويُحال الملف إلى الهيئة خلال سبعة أيام من تشكيلها، وتبدأ مهمتها خلال خمسة عشر يوماً.

تكفل الهيئة جميع حقوق الدفاع وتعامل الأطراف على قدم المساواة. ويُحدد مكان التحكيم ولغته والإجراءات الإضافية باتفاق الأطراف وإلا قررت الهيئة ذلك. وتكون جلسات المرافعة وسماع الشهود سرية ما لم يتفق الطرفان على خلاف ذلك.

تفصل الهيئة في النزاع طبقاً للعقد وأي اتفاق لاحق، والقانون الذي يختاره الطرفان، والقانون الأكثر ارتباطاً بموضوع النزاع، والأعراف التجارية المحلية والدولية. ويجوز لها اتخاذ تدابير مؤقتة وإجراء المعاينة والاستعانة بالخبراء وإثبات الصلح بحكم.

تكون المداولة سرية. ويصدر الحكم بالإجماع أو بالأغلبية خلال مدة أقصاها مائة يوم من إحالة الملف ما لم يتفق الأطراف على مدة أخرى. ويُدوَّن رأي العضو المخالف على ورقة مستقلة دون أن يُعد جزءاً من الحكم. ويجوز تمديد المدة بقرار من الأمين العام بناء على طلب مسبب.

يجب أن يكون الحكم مسبباً وأن يتضمن أسماء المحكمين وتوقيعاتهم وأسماء الأطراف وتاريخ الحكم ومكان صدوره ووقائع الدعوى وطلبات الخصوم. ويكون ملزماً ونهائياً وله قوة النفاذ بعد الأمر بتنفيذه من الجهة القضائية المختصة. ويجوز طلب تصحيح الأخطاء المادية خلال خمسة عشر يوماً وتفسير الغموض خلال سبعة أيام.

يستوفي المركز على كل طلب تحكيم رسماً قدره 250 ديناراً أردنياً أو ما يعادله. ولا تزيد رسوم الخدمات بحال عن 2% من قيمة النزاع. ويقترح الأمين العام جدولاً بالرسوم يصبح نافذاً بعد اعتماده من مجلس الإدارة.

يعد الأمين العام قائمة تقدير مؤقت لأتعاب المحكمين ونفقات التحكيم ويكلف الطرفين بإيداع مبلغين متساويين. فإذا لم يتم الوفاء خلال ثلاثين يوماً جاز للهيئة الأمر بوقف الإجراءات أو إنهائها.